В 1654 году на месте пригорода современного Шебекино был построен город-крепость Нежегольск, который входил в белгородскую оборонительную черту. Белгородская оборонительная черта долгое время была южным рубежом русского государства, на котором удерживались осуществлявшие набеги крымские татары с юга и польско-литовские войска  с запада.
Датой возникновения Шебекино принято считать 1713 год, когда оно впервые было обозначено на российских картах. Свое название поселение получило по фамилии первого землевладельца, который поселил здесь своих крепостных, основал селение. Подполковник Иван Дмитриевич Шибеко, являющийся одним из участников Полтавской битвы, купил 160 четвертей земли у дворянина Н.Р. Маслова. Он поселил на правом берегу реки Нежеголь своих крестьян. В своем имении, кроме усадьбы, он построил и мельницу.

А.В. Макаров (1675-1750)

В 1716 г. И.Д. Шибеко и его жена умерли, не оставив после себя детей. Все имение перешло в арендное владение Алексею Васильевичу Макарову, бывшему кабинет-секретарем Петра I. Он постоянно сопровождал Петра I в поездках. Имея большое влияние на ход государственных дел, Макаров сделал блестящую карьеру. За содействие возведению на престол Екатерины I был награжден чином тайного советника и крупными поместьями. В годы царствования Екатерины I Алексей Васильевич пользовался большим авторитетом и влиянием. Принимал активное участие в работе Верховного Тайного совета. В 1723 г. он купил у В.В. Титова и Титовку* с имеющимся там суконным заводом. На этом заводе тогда работали 1 мастер и 3 работника. Впоследствии Титовка принадлежала внучке Макарова, которая вышла замуж за подполковника Михаила Ивановича Батезатула. После смерти А.В. Макарова слобода Шибекина стала объектом многих споров. Неоднократно менялись ее владельцы. В 1785 г. слобода Шибекина (впоследствии Шебекина) перешла во владение Екатерине Петровне Барятинской(1750-1811).

Генерал от инфантерии Александр Алексеевич Ребиндер (1826-1913)

Барон Н.А Ребиндер (1863-1918)

Барон А.А. Ребиндер (1869-1918)

С 1836 г. Шебекино являлось родовым имением Ребиндеров. Эта семья оказала большое влияние на развитие слободы Шебекиной. Промышленность начала развиваться в слободе с середины XIX века, когда в 1839 году владелец слободы Алексей Максимович Ребиндер построил на берегу реки Нежеголь примитивный сахарный завод, который в 1848 г. был реконструирован и увеличен. Завод получил название Алексеевский (по имени своего владельца). В 1847 г. построен кирпичный завод, который предназначался для обеспечения предприятия строительными материалами. В 1850г. свеклосахарный завод генерала Ребиндера уже стал одним из лучших в Курской губернии.  В 1867 году Александр Алексеевич Ребиндер(сын А.М. Ребиндера) построил механические мастерские по ремонту сельхозинвентаря. В 1875 году им же были построены винокуренный завод и двухэтажная мельница с маслобойкой. В 1888 году сахарный завод был реконструирован. Построен главный и два боковых корпуса. Поставлена водокачка. Шебекинский и Н-Таволжанский сахзаводы уже в 1890 году произвели продукции на 1575 тысяч рублей. Такое увеличение объемов продукции диктовало необходимость решения вопроса об упрощении способов ее вывоза с завода для доставки покупателям. В 1896 году закончилось строительство железнодорожной линии из Белгорода на Купянск, на которой появилась и пассажирская станция Нежеголь. От нее были сделаны подъездные железнодорожные пути к товарной станции Боткино в  Н-Таволжанке и к товарной станции Ребиндерово в слободе Шебекино.
Применение на сахарном заводе новейшего машинного оборудования, а также использование новых методов полеводства и агротехники при выращивании сахарной свеклы вызвало потребность в образованных и квалифицированных рабочих. Поэтому Александр Алексеевич вместе со своим братом Николаем основали в Шебекино в 1875 году сельскохозяйственную школу для рабочих на 120 человек. В нее принимались воспитанники не моложе 14 лет, которых обучали 3 преподавателя. Они обучались полевым работам, столярному и слесарному делу. Это заведение было закрытым и находилось на полном иждивении его основателей. С 1892 года попечителем этой школы, которая стала называться Марьинской низшей сельскохозяйственной школой I разряда, стал Александр Алексеевич Ребиндер.

Шебекинский сахарный завод 1908 год

Электростанция

В начале XX века существующие Шебекинские промышленные предприятия значительно расширились и появились новые.
В 1905 году А.А.Ребиндер построил электростанцию при сахарном заводе, которая обеспечивала электроэнергией не только сахарный и другие предприятия, но и жилые дома. В 1907 году для сахарного завода закуплен в Берлине паровоз. В 1909 году осуществлена реконструкция сахарного завода. Ежедневное производство сахара составляло 15 вагонов по 900 пудов в каждом. Доход получаемый от сахзавода, в 1915 году увеличился с 2 до 3 миллионов рублей в год. Алексеевский /Шебекинский/ сахарный завод стал крупнейшим в России и был оснащен лучшим по тем временам оборудованием. В 1914 году А.Ребиндер построил кожевенный завод и скотобойню. На кожевенном и сахарном заводах трудилось до 1917 года 1385 постоянных рабочих.
Перед революцией в слободе Шебекино кроме сахарного и кожевенного имелись спиртовой, меловой и кирпичный заводы, а так же работали сельскохозяйственные мастерские.

Родовой герб Ребиндеров.

В 1928 году Шебекино становится центром одноименного уезда, а через 10 лет преобразуется в город. Перед войной, на южном песчаном берегу реки Нежеголь, на краю города высаживается целый бор сосен. В последствии, при расширении города этот бор оказывается в его центре, его называют парком "Культуры и отдыха" и он становится одной и достопримечательностей города.
В послевоенное время Шебекино быстро развивался как город химиков. В 1948 году началось строительство, а в 1953 году вступил в строй химический завод - первенец новой в стране отрасли химической промышленности синтетических жирных кислот и жирных спиртов, производящей жирозаменители и моющие средства на основе поверхностно-активных веществ. В СССР были широко известны стиральные порошки "Новость", "Кристалл", "Нептун", выпускались также жидкие моющие средства "Фея", "Альфия", "Ива". Строительство завода "украсило" ландшафт города высокой, 102 метра трубой, которая и по сей день является одним из наиболее значительных городских сооружений.